东莞校区门诊部成立于2003年，是集医疗诊治、预防保健及卫生服务等工作为一体的非营利性医疗机构。门诊部以“关爱生命，呵护健康”为宗旨，以服务师生为工作中心，致力提供满意优质的医疗服务。开展医疗保健、传染病防控、师生健康体检、校园食品安全监管、健康教育等工作。

门诊部现有业务用房1800平方米，于2018年改造升级，全面装修，现环境优美。现有医务人员13人，其中副高及以上9人。

门诊部开设内科、外科、儿科、口腔科、康复治疗科、中医科、检验科及药房等科室。现有数字X线摄影设备（Dr）、彩色B超仪、全自动生化分析仪、全自动尿液监测仪、全自动血球仪等万元医疗设备23件。