医院管理处成立于2010年，在学校党委的领导下，在分管校领导的指导下，协调做好直属附属医院管理，协调非直属附属医院工作，协调创建直属、非直属附属医院、非直属临床医学院工作，开展校内公共卫生和医疗保健工作。其主要的职能：

一、贯彻上级相关政策和学校的发展目标，协调制订直属附属医院的发展规划并协助组织实施，对各直属附属医院实施管理，指导医院开展技术创新、管理创新，保证直属附属医院功能全面实施与任务的完成。

二、根据医疗卫生发展动态，密切联系附属医院，及时了解医院工作情况，检查评估和监督医疗、护理、教学、科研、管理工作质量，开展专项调研，汇集医疗服务信息并做出分析，为学校在直属附属医院发展的宏观决策中提供依据。

三、组织对直属附属医院大型项目的论证。督促直属附属医院落实学校的有关决定，督促落实医院领导班子任期目标管理责任，完成年度计划。协调各附属医院的重要医疗救援、重要医疗保障、对口支援、援外医疗和医疗合作等工作。

四、协调非直属附属医院群的科研、教学及医疗的发展。

五、负责制订学校直属附属医院、非直属附属医院的管理办法，并督促落实。

六、负责共建直属附属医院合作项目、非直属附属医院及非直属临床医学院建设论证、申报及认定。

七、督促校属医疗机构落实医疗管理规章制度与规范，加强质量建设和医疗安全管理，对执行情况进行检查评价。

八、负责校园公共卫生、突发公共卫生事件应急处理与协调，做好湛江校区师生预防保健工作。

九、负责公共卫生医疗经费、教职工体检经费、离退休医疗费、医院管理经费的预算与管理，开展归口工作。

十、定期组织直属附属医院、非直属附属医院举办附属医院管理工作经验交流，促进附属医院群医教研协同发展。

十一、负责组织与本部门职能相关的业务项目的申报与管理。

十二、协调办理校内其它部处有关事宜及上级领导交付的其它任务。